Z chwilą podpisania przez Rosję, Austrię i Prusy pierwszego traktatu rozbiorowego kończy się historia „państwa muszyńskiego”. Cała ziemia sądecka znalazła się w granicach Galicji (sama Krynica w tzw. Galicji Wschodniej). Zaborcze panowanie Habsburgów przyniosło jednak pozytywne skutki dla tych rejonów. Krynica właśnie w tym czasie urodziła się jako prawdziwe uzdrowisko.
24 kwietnia 1793 roku austriacki urzędnik Franciszek Stix von Saunbergen wykupił od miejscowych właścicieli ziemię wraz z wytryskającym tam źródłem (dzisiaj znanym jako Zdrój Główny). Miał on od początku jeden cel – chciał w tej pięknej miejscowości założyć uzdrowisko, które przyniesie spodziewane dochody. Zabezpieczył więc źródło i wybudował pierwsze budynki zdrojowe – drewniany domek łaziebny („Mały Domek” 1794 r.) i stajnię dla zdrożonych koni przywożących powozami pierwszych kuracjuszy. Po kilku latach ziemię przejęła administracja skarbowa w Nowym Sączu. W pierwszych latach XIX wieku zadbano o wykonanie ujęć wód, budowę łazienek, domów mieszkalnych dla kuracjuszy, a także w późniejszych latach założenie parku spacerowego, regulację potoków, budowę dróg, alejek spacerowych, altan i obiektów kultury. Efektem tej rozbudowy był bardzo szybki wzrost liczby odwiedzających krynickie zdroje kuracjuszy – początkowo ze 120 osób w 1803 roku do 681 w 1806 roku. Kuracje odbywały się jednak tylko w krótkim i deszczowym sezonie letnim, a nieopodal w słowackim Bardiowie rozwijało się prężnie drugie konkurencyjne uzdrowisko, co hamowało napływ wczasowiczów i datki cesarskie na rozwój Krynicy.
2 października 1806 roku na odgórne polecenie z Wiednia zjechała do Krynicy specjalna komisja , która pod wpływem głównie dr. Schultesa promującego miejscowość w całej Europie uznała Krynicę za miejscowość klimatyczną. Wtedy również opracowano pierwszy kompleksowy plan zagospodarowania przestrzennego uzdrowiska. Powstał wtedy specjalny dom dla lekarzy „Kamienica”, zaś na górze źródlanej założono park spacerowy w stylu angielskim. Odwiedzający Krynicę w 1811 r. gubernator Galicji hrabia de Goess przekazał miastu kolejne środki finansowe, za które zbudowano m. in. nowe drogi, domy gościnne „Pod Zamkiem” i „Pod Barankiem” oraz dom komisji zdrojowej. Pierwszym lekarzem zdrojowym został dr Józef Nennel (1807-1808), jego następcą był dr Fryderyk Wilhelm Haarland – obaj bardzo zasłużyli się dla Krynicy wspierając swą wiedzą i doświadczeniem rozwój uzdrowiska. Kolejny lekarz zdrojowy przyniósł niestety powolny upadek i niechlubną sławę uzdrowisku – za jego urzędowania miały miejsce dewastacje i malwersacje. Prawdziwy upadek dotknął jednak Krynicę po roku 1832, kiedy to zabrakło jakiegokolwiek lekarza zakładowego. Kolejni dzierżawcy powoli rozgrabili dobra uzdrowiskowe. Wydarzenia historyczne wprowadziły zamęt – rabacja galicyjska i późniejsza Wiosna Ludów pogłębiły kłopoty cesarstwa Habsburgów i doprowadziły do powstania w 1867 roku monarchii Austro-Węgier.
Okazało się jednak, że owe zmiany polityczne miały dla samej Krynicy zbawienne skutki. Po latach kompletnego upadku uzdrowiska wraz z końcem lat 50-tych XIX wieku nastąpiło dla Krynicy odrodzenie. Stało się tak za sprawą praktykującego w samym Wiedniu doktora Józefa Dietla – uzdrowiciela i wielkiego dobrodzieja tego miasta.
